สีย้อมเรืองแสงเป็นสารประกอบที่มีโครงสร้างพิเศษและคุณสมบัติโครงสร้างของพวกเขาส่วนใหญ่รวมถึงสามประเด็นต่อไปนี้:
(1)โมเลกุลที่มีฟลูออเรสเซนต์- ปล่อยกลุ่ม, เช่นกลุ่มคาร์บอน, ไนโตรเจน- ไนโตรเจนพันธะคู่, คาร์บอน- ไนโตรเจนพันธะคู่, ฯลฯของ
(2)โมเลกุลประกอบด้วยกลุ่ม auxochrome กลุ่ม auxochrome ทําให้คลื่นความถี่เปลี่ยนสีแดงและเพิ่มประสิทธิภาพการเรืองแสงเช่นกลุ่มกรดอะมิโนหลักกลุ่มอะมิโนรองกลุ่มไฮดรอกซิลพันธะ ether กลุ่มอะมิเดะและอื่น ๆ
(3)โมเลกุลประกอบด้วยพันธะπที่มีโครงสร้างไม้จันทลาร์แข็งของ ยิ่งระบบ conjugated intramolecular มีขนาดใหญ่มากระนาบก็จะยิ่งแข็งแกร่งขึ้นความเข้มของฟลูออเรสเซนต์ก็จะยิ่งสูงขึ้นเท่านั้น ปัจจัยบางอย่างที่สามารถปรับปรุงระดับของการผันสามารถเพิ่มประสิทธิภาพการเรืองแสงและเปลี่ยนความยาวคลื่นฟลูออเรสเซนต์ไปยังทิศทางคลื่นยาว
